До утверждения Методики по Приказу 421/пр расчет компенсация НДС при упрощенной системе налогообложения осуществлялся согласно письму Госстроя России от 06.10.2003 № НЗ-6292/10.
Но в настоящее время данное письмо отсутствует в Реестре сметных нормативов и не может применяться на практике.
На сайте Главгосэкспертизы был задан вопрос: "При расчете локальных смет как правильно рассчитать возмещение НДС при УСН согласно новой методике по приказу 421/пр? Из каких переменных должна состоять формула возмещения НДС?"
На что был дан ответ Ссылка на ответ ГГЭ
Суть ответа заключается в следующем.
1. Определение сметной стоимости строительства осуществляется с применением сметных нормативов, включенных в ФРСН.
2. Указанная сметная стоимость строительства используется при формировании начальной (максимальной) цены контрактов.
3. При этом сметные нормативы и сметные цены строительных ресурсов, использованные при определении сметной стоимости строительства, не подлежат применению при исполнении указанных контрактов или договоров, если иное не предусмотрено таким контрактом или таким договором.
4. Методикой 421/пр установлены единые методы формирования сметной стоимости на этапе архитектурно-строительного проектирования, подготовки сметы.
5. В соответствии с пунктом 180 Методики № 421/пр за итогом ССРСС приводится сумма НДС, принимаемого в размере, установленном законодательством Российской Федерации.
6.  Согласно пункту 181 Методики № 421/пр расчет суммы НДС выполняется от итогов глав 1–12 ССРСС с учетом резерва средств на непредвиденные работы и затраты, за исключением стоимости работ и услуг, не подлежащих налогообложению в соответствии со статьей 149 Налогового кодекса Российской Федерации.
Разъяснение вопросов, касающихся начисления и оплаты НДС, относится к компетенции налоговых органов и регулируется налоговым законодательством.

Исходя из данного разъяснения для себя я сделал вывод, что нужно начислять НДС в смете, при этом показывать данную сумму Справочно как Компенсация НДС.